予定パッケージ名 HigashiNopponLikelihood 関数名 printTAPout タイトル printTAPout 説明 TestAllPatternsの出力のうち、対数尤度、被捜索者リスト、候補者リストを並べて出力する 使用例 printTAPout(tap) ソース printTAPout<-function(tap){ n<-length(…
予定パッケージ名 HigashiNopponLikelihood 関数名 TestAllPatterns タイトル TestAllPatterns 説明 ある家系に属する１人以上のメンバーが被捜索者となっていて、そのうちの０人以上、全員以下が候補者プールに含まれうる。被捜索者は候補者プールのうちの…
予定パッケージ名 HigashiNopponLikelihood 関数名 CalcLogLikelihoodFamily タイトル CalcLogLikelihoodFamily 説明 家系図のすべての親子トリオについての、その両親からその子が生まれる尤度を計算し、その総積をとる 使用例 CalcLogLikelihoodFamily(p,G…
書きかけ 予定パッケージ名 HigashiNopponLikelihood 関数名 CalcLogLikelihoodFamilyLocus2 タイトル CalcLogLikelihoodFamilyLocus2 説明 使用例 CalcLogLikelihoodFamilyLocus2(p,g,A,P) ソース counterplus<-function(x,t){ x[1]<-x[1]+1 for(i in 1:(le…
予定パッケージ名 HigashiNopponLikelihood 関数名 OffspringGenotypeProb タイトル OffspringGenotypeProb 説明 任意のアレル数のマーカーについて、父方のアレル頻度ベクトルと母方のアレル頻度ベクトルとから生まれる子のディプロタイプの頻度を上三角行…
予定パッケージ名 HigashiNopponLikelihood 関数名 MakeTestPattern タイトル MakeTestPattern 説明 探索対象者は複数。それぞれの探索対象の候補者も複数。探索対象の候補者には重複がある。でも、ある候補者が複数の探索対象の解になることは許されない。…
予定パッケージ名 HigashiNopponLikelihood 関数名 MakeSearchPattern タイトル MakeSearchPattern 説明 探索対象k人について、i人探索のパターン数(k,i)として、(k,1)+(k,2)+...+(k,k)通りの探索パターンを作成する 使用例 MakeSearchPattern(v) ソース Mak…
予定パッケージ名 HigashiNopponLikelihood 関数名 RandomGenotypeFamily タイトル RandomGenotypeFamily 説明 家系図を与え、指定マーカーについて、アレルとそのアレル頻度情報から、適当にその家系図を満足するジェノタイプデータを作る 使用例 G<-Random…
予定パッケージ名 HigashiNopponLikelihood 関数名 RandomGenotype タイトル RandomGenotype 説明 指定マーカーについて、アレルとそのアレル頻度情報から、HWEに基づき、指定人数分ぷジェノタイプを作成する 使用例 Gpool<-RandomGenotype(Np,NL,Alleles,Pr…
予定パッケージ名 HigashiNopponLikelihood 関数名 MakeAlleleProb タイトル MakeAlleleProb 説明 指定マーカー数のアレルリストとそのアレル頻度リストを適当に作る プログラムの検証用のシミュレーションデータ作成のため 使用例 MakeAlleleProb(NL) ソー…
予定パッケージ名 HigashiNopponLikelihood 関数名 MakePedigreeFromFamilyInfo タイトル MakePedigreeFromFamilyInfo 説明 ５列の家族情報行列からkinshipパッケージのpedigreeオブジェクトを作る 使用例 MakePedigreeFromFamilyInfo(p) ソース MakePedigre…
# df次元球の表面積 SphereSurface<-function(df,r=1){ 2*r^df*pi^(df/2)/gamma(df/2) } # df次元球の軸と偏角tであるdf-1次元球の表面積 SphereSurfaceAngle<-function(df,t,r=1){ d<-r*abs(sin(t)) ret<-0 if(df==1){ ret<-rep(2,length(t)) }else{ ret<-S…
予定パッケージ名 sphere 関数名 SpherePower2D タイトル SpherePower2D 説明 フェノタイプ情報のベクトルと、ジェノタイプ情報の行列があるとす 使用例 SpherePower2D(Kv,Ks,CheckDists,Tiis,nperm) ソース SpherePower2D<- function (Kv, Ks, CheckDists, …
予定パッケージ名 sphere 関数名 SpherePowerGene タイトル SpherePowerGene 説明 フェノタイプ情報のベクトルと、ジェノタイプ情報の行列があるとする。 フェノタイプベクトルから分割表を作り、 ジェノタイプ行列から、テストベクトルを作る。 遺伝子は、…
予定パッケージ名 sphere 関数名 MakeWTableS タイトル MakeWTableS 説明 複数のマーカーについて一括してMakeWTable()を用いる 使用例 MakeWTableS(g,k) ソース MakeWTableS<-function(t,k=c(0,1)){ n<-length(k) m<-matrix(0,length(t[1,]),length(t[,1])*…
予定パッケージ名 sphere 関数名 MakeWTable タイトル MakeWTable 説明 サンプルに値が与えられているときに、サンプル数ｘカテゴリ数の表に重みづけをつけることとする。 カテゴリには0:(カテゴリ数-1)の順序を付けるものとして重みづけする 使用例 MakeWTa…
予定パッケージ名 sphere 関数名 MakeOTable タイトル MakeOTable 説明 カテゴリ数がkでサンプル数がNのとき、個々のサンプルを１カラムと見立てた分割表は、表の要素が0か1かの表であり、列に関する和がすべて1であるような分割表である。 カテゴリ情報のベ…
Sweaveを用いて作成した解説メモはこちら 予定パッケージ名 sphere 関数名 SpherePower タイトル SpherePower 説明 真値座標を指定、その指定倍距離の点を真値とする。 検定閾値距離を指定。 自由度１テストの法線ベクトルのセットを指定。 その最大値を統計…
予定パッケージ名 sphere 関数名 MoteCarloPowerChisq タイトル MoteCarloPowerChisq 説明 指定次元、真値としてカイ二乗統計量を与え、棄却水準(p値もしくは、カイ二乗値)に対応するパワーを算出 非心カイ二乗分布での算出と、モンテカルロ算出との２方法を…
予定パッケージ名 sphere 関数名 RandomSphere タイトル RandomSphere 説明 任意次元の、指定半径多次元球面上の均一分布の発生 使用例 RandomSphere(6) ソース RandomSphere<- function (df = 3, r = 1, n = 100) { rs <- matrix(rnorm(df * n), nrow = n) …
予定パッケージ名 sphere 関数名 TestDf1 タイトル TestDf1 説明 分割表の自由度１検定とは、分割表のセルに重みづけ係数をつけることである。 その長さNxMの重みづけベクトルを、標準化正単体座標系(自由度次元)の法線ベクトルに変換する 使用例 dfCoordina…
予定パッケージ名 sphere 関数名 RegularSpherize タイトル RegularSpherize 説明 周辺度数を共有する分割表は、ピアソンのカイ二乗統計量の 平方根をノルムとする、自由度次元空間上の点に対応付けることができる。 その対応付けを行う関数 使用例 RegularS…
予定パッケージ名 sphere 関数名 makeTblSameChiNM タイトル makeTblSameChiNM 説明 観測テーブルを与え、それと周辺度数を同じくするテーブルで、指定のカイ二乗値をとるテーブルを指定個作成する 使用例 makeTblSameChiNM (O,k,N) ソース makeTblSameChiNM …
予定パッケージ名 sphere 関数名 dfCoordinate タイトル dfCoordinate 説明 自由度次元座標を算出する 使用例 dfCoordinate(O,Obs=TRUE) ソース dfCoordinate <- function (D, Obs = FALSE) { if (Obs) { D <- tableExpAndMarginals(D)$dtable } X <- Catego…
予定パッケージ名 sphere 関数名 makeSameMargMatrix タイトル makeSameMargMatrix 説明 差分表を作る 使用例 makeSameMargMatrix(O) ソース makeSameMargMatrix <- function (O, c = 1) { E <- tableExpAndMarginals(O)$etable diff <- makeDiffMatrix(leng…
予定パッケージ名 sphere 関数名 makeDiffMatrix タイトル makeDiffMatrix 説明 差分表を作る 使用例 makeDiffMatrix(N,M,c) ソース makeDiffMatrix <- function (N, M, c = 1) { library(MCMCpack) testm <- matrix(rdirichlet(1, rep(1, N * M)), nrow = N…
予定パッケージ名 sphere 関数名 tableExpAndMarginals タイトル tableExpAndMarginals 説明 ２次元分割表の周辺度数と期待値表を計算する 使用例 tableExpAndMarginals(O) ソース tableExpAndMarginals<- function (O = matrix(round(runif(N * M) * 100, 0…
予定パッケージ名 sphere 関数名 CategoryVectorND タイトル CategoryVectorND 説明 N1xN2x...xNkテーブルは(N1-1)x(N2-1)x...x(Nk-1)自由度。N1xN2x...xNkテーブルを(N1-1)x(N2-1)x...x(Nk-1)次元空間上の点に対応付ける 使用例 v<-c(3,4,5) CategoryVector…
予定パッケージ名 sphere 関数名 CategoryVector2D タイトル CategoryVector2D 説明 NxMテーブルは(N-1)x(M-1)自由度。NxMテーブルを(N-1)x(M-1)次元空間上の点に対応付ける 使用例 N<-5 M<-4 CategoryVector2D(N,M) ソース CategoryVector2D2<-function(N =…
予定パッケージ名 sphere 関数名 CategoryVector タイトル CategoryVector 説明 N+1個の頂点を持つN単体はN次元空間におさまる。その頂点座標を出す関数 使用例 N<-5 CategoryVector(N) ソース CategoryVector<- function (nc = 3) { df <- nc - 1 d <- df +…
