メイティングして生じるディプロタイプ頻度を計算する

HigashiNopponLikelihood OffspringGenotypeProb
  • 予定パッケージ名
    • HigashiNopponLikelihood
  • 関数名
    • OffspringGenotypeProb
  • タイトル
OffspringGenotypeProb
  • 説明
任意のアレル数のマーカーについて、父方のアレル頻度ベクトルと母方のアレル頻度ベクトルとから生まれる子のディプロタイプの頻度を上三角行列で出す。
ある集団があって、HWEを想定するなら、２ベクトルに同じものを与えると、その集団のディプロタイプ頻度が出る。
ある個人の父由来のアレルと母由来のアレルをそれぞれ確率１としたベクトルを与えれば、その個人のディプロタイプ確率が１であるような行列が出る。
父と母のディプロタイプがわかっているときには、それぞれのアレル確率(２本の染色体を合わせた確率)を与えると、子のディプロタイプ確率が出る
  • 使用例
OffspringGenotypeProb(p1,p2)
  • ソース
OffspringGenotypeProb<-function(p1,p2){
	V<-p1%*%t(p2)
	U<-V+t(V)
	U[lower.tri(U)]<-0
	diag(U)<-diag(U)/2
	U
}
  • Rdファイル
\name{OffspringGenotypeProb}
\alias{OffspringGenotypeProb}
%- Also NEED an '\alias' for EACH other topic documented here.
\title{
OffspringGenotypeProb
}
\description{
任意のアレル数のマーカーについて、父方のアレル頻度ベクトルと母方のアレル頻度ベクトルとから生まれる子のディプロタイプの頻度を上三角行列で出す。
ある集団があって、HWEを想定するなら、２ベクトルに同じものを与えると、その集団のディプロタイプ頻度が出る。
ある個人の父由来のアレルと母由来のアレルをそれぞれ確率１としたベクトルを与えれば、その個人のディプロタイプ確率が１であるような行列が出る。
父と母のディプロタイプがわかっているときには、それぞれのアレル確率(２本の染色体を合わせた確率)を与えると、子のディプロタイプ確率が出る
}
\usage{
OffspringGenotypeProb(p1,p2)
}
\arguments{
自然数ベクトル
}
%- maybe also 'usage' for other objects documented here.
\details{
%%  ~~ If necessary, more details than the description above ~~
}
\value{
リスト。リストの各要素は行列。
}
\references{
%% ~put references to the literature/web site here ~
}
\author{
%%  ~~who you are~~
}
\note{
%%  ~~further notes~~
}

%% ~Make other sections like Warning with \section{Warning }{....} ~

\seealso{
}

\examples{
popProb<-c(0.2,0.3,0.5)
OffspringGenotypeProb(popProb,popProb)
dad<-c(0.5,0.5,0)
mom<-c(0,0,1)
OffspringGenotypeProb(dad,mom)
}