HigashiNopponLikelihood

TestAllPatternsの出力のうち、対数尤度、被捜索者リスト、候補者リストを並べて出力する

予定パッケージ名 HigashiNopponLikelihood 関数名 printTAPout タイトル printTAPout 説明 TestAllPatternsの出力のうち、対数尤度、被捜索者リスト、候補者リストを並べて出力する 使用例 printTAPout(tap) ソース printTAPout<-function(tap){ n<-length(…

ある家系に1人以上の被捜索者がいるときにすべての捜索パターンをテストする

予定パッケージ名 HigashiNopponLikelihood 関数名 TestAllPatterns タイトル TestAllPatterns 説明 ある家系に属する1人以上のメンバーが被捜索者となっていて、そのうちの0人以上、全員以下が候補者プールに含まれうる。被捜索者は候補者プールのうちの…

ある家系図であるマーカーのジェノタイプが観測される確率を計算する

予定パッケージ名 HigashiNopponLikelihood 関数名 CalcLogLikelihoodFamily タイトル CalcLogLikelihoodFamily 説明 家系図のすべての親子トリオについての、その両親からその子が生まれる尤度を計算し、その総積をとる 使用例 CalcLogLikelihoodFamily(p,G…

ある家系図であるマーカーのジェノタイプが観測される確率を計算する

書きかけ 予定パッケージ名 HigashiNopponLikelihood 関数名 CalcLogLikelihoodFamilyLocus2 タイトル CalcLogLikelihoodFamilyLocus2 説明 使用例 CalcLogLikelihoodFamilyLocus2(p,g,A,P) ソース counterplus<-function(x,t){ x[1]<-x[1]+1 for(i in 1:(le…

メイティングして生じるディプロタイプ頻度を計算する

予定パッケージ名 HigashiNopponLikelihood 関数名 OffspringGenotypeProb タイトル OffspringGenotypeProb 説明 任意のアレル数のマーカーについて、父方のアレル頻度ベクトルと母方のアレル頻度ベクトルとから生まれる子のディプロタイプの頻度を上三角行…

複数の探索者を同じ候補者プールで探すとき

予定パッケージ名 HigashiNopponLikelihood 関数名 MakeTestPattern タイトル MakeTestPattern 説明 探索対象者は複数。それぞれの探索対象の候補者も複数。探索対象の候補者には重複がある。でも、ある候補者が複数の探索対象の解になることは許されない。…

複数のメンバーが探索対象のときには、その全員もしくは一部を探索対象とすることが必要。そのパターンを網羅する

予定パッケージ名 HigashiNopponLikelihood 関数名 MakeSearchPattern タイトル MakeSearchPattern 説明 探索対象k人について、i人探索のパターン数(k,i)として、(k,1)+(k,2)+...+(k,k)通りの探索パターンを作成する 使用例 MakeSearchPattern(v) ソース Mak…

家族のジェノタイプデータを適当に作る

予定パッケージ名 HigashiNopponLikelihood 関数名 RandomGenotypeFamily タイトル RandomGenotypeFamily 説明 家系図を与え、指定マーカーについて、アレルとそのアレル頻度情報から、適当にその家系図を満足するジェノタイプデータを作る 使用例 G<-Random…

家族尤度

予定パッケージ名 HigashiNopponLikelihood 関数名 RandomGenotype タイトル RandomGenotype 説明 指定マーカーについて、アレルとそのアレル頻度情報から、HWEに基づき、指定人数分ぷジェノタイプを作成する 使用例 Gpool<-RandomGenotype(Np,NL,Alleles,Pr…

家族尤度

予定パッケージ名 HigashiNopponLikelihood 関数名 MakeAlleleProb タイトル MakeAlleleProb 説明 指定マーカー数のアレルリストとそのアレル頻度リストを適当に作る プログラムの検証用のシミュレーションデータ作成のため 使用例 MakeAlleleProb(NL) ソー…

家族尤度

予定パッケージ名 HigashiNopponLikelihood 関数名 MakePedigreeFromFamilyInfo タイトル MakePedigreeFromFamilyInfo 説明 5列の家族情報行列からkinshipパッケージのpedigreeオブジェクトを作る 使用例 MakePedigreeFromFamilyInfo(p) ソース MakePedigre…