家族尤度

• 予定パッケージ名
  • HigashiNopponLikelihood
• 関数名
  • MakePedigreeFromFamilyInfo
• タイトル

MakePedigreeFromFamilyInfo

• 説明

５列の家族情報行列からkinshipパッケージのpedigreeオブジェクトを作る

• 使用例

MakePedigreeFromFamilyInfo(p)

• ソース

MakePedigreeFromFamilyInfo<-function(p){
	ns<-length(p[,1])
	affected<-status<-rep(1,ns)
	affected[which(p[,5]==3)]<-0
	status[which(p[,5]==1)]<-0
	ptemp<-pedigree(id=p[,1],dadid=p[,3],momid=p[,2],sex=p[,4],affected=affected,status=status)
	if(sum(ptemp$affected)==0)ptemp$affected<-affected
	ptemp
}

• Rdファイル

\name{MakePedigreeFromFamilyInfo}
\alias{MakePedigreeFromFamilyInfo}
%- Also NEED an '\alias' for EACH other topic documented here.
\title{
MakePedigreeFromFamilyInfo
}
\description{

}
\usage{
akePedigreeFromFamilyInfo(p)
}
\arguments{
pは５列の行列。第１列はID(数値で1,2,...)。第２列は母親ID。母親不明は0。第３列は父親ID。父親不明は0。第４列は性別。0は男,1は女。第５列は解析用タイプ。1はDNAサンプル提供者。2は探されている家系構成員。3は家系構成員ではあるが、DNAサンプルの提供がなく、かつ、探されていない家系構成員。
}
%- maybe also 'usage' for other objects documented here.
\details{
%%  ~~ If necessary, more details than the description above ~~
}
\value{
pedigreeオブジェクト
}
\references{
%% ~put references to the literature/web site here ~
}
\author{
%%  ~~who you are~~
}
\note{
%%  ~~further notes~~
}

%% ~Make other sections like Warning with \section{Warning }{....} ~

\seealso{
}

\examples{
# needs kinship package
p<-matrix(
c(1:8,
  0,0,1,0,3,3,3,3,
  0,0,2,0,4,4,4,4,
  1,0,1,0,1,1,0,0,
  1,1,2,1,1,1,2,1),
  ncol=5)

ptemp<-MakePedigreeFromFamilyInfo(p)
plot(ptemp)
}