家族のジェノタイプデータを適当に作る

HigashiNopponLikelihood RandomGenotypeFamily
  • 予定パッケージ名
    • HigashiNopponLikelihood
  • 関数名
    • RandomGenotypeFamily
  • タイトル
RandomGenotypeFamily
  • 説明
家系図を与え、指定マーカーについて、アレルとそのアレル頻度情報から、適当にその家系図を満足するジェノタイプデータを作る
  • 使用例
G<-RandomGenotypeFamily(p,NL,Alleles,Probs)
G2<-RandomGenotypeFamily(p,NL,Alleles,Probs,missing=TRUE)
  • ソース
RandomGenotypeFamily<-function(d,n,Alleles,Probs,missing=FALSE){
	ns<-length(d[,1])
	g<-array(0,c(ns,2,n))
	noparents<-which(d[,2]==0,d[,3]==0)
	for(i in noparents){
		for(j in 1:n){
			g[i,,j]<-sample(Alleles[[j]],2,replace=TRUE,Probs[[j]])
		}
	}
	given<-rep(0,ns)
	given[noparents]<-1
	loop<-TRUE
	if(sum(given)==ns)loop<-FALSE
	while(loop){
		yet<-which(given==0)
		for(i in yet){
			prt1<-d[i,2]
			prt2<-d[i,3]
			if(given[prt1]+given[prt2]==2){
				for(j in 1:n){
					g[i,1,j]<-sample(g[prt1,,j],1)
					g[i,2,j]<-sample(g[prt2,,j],1)
				}
				given[i]<-1
			}
		}
		if(sum(given)==ns)loop<-FALSE
	}
	if(missing){
		Type<-p[,5]
		
		G2<-array(0,c(length(p[,1]),2,NL))
		
		G2[which(Type==1),,]<-G[which(Type==1),,]
		g<-G2
	}
	g
}
  • Rdファイル
\name{RandomGenotypeFamily}
\alias{RandomGenotypeFamily}
%- Also NEED an '\alias' for EACH other topic documented here.
\title{
RandomGenotypeFamily
}
\description{
家系図を与え、指定マーカーについて、アレルとそのアレル頻度情報から、適当にその家系図を満足するジェノタイプデータを作る。シミュレーションのため。
}
\usage{
G<-RandomGenotypeFamily(p,NL,Alleles,Probs)
G2<-RandomGenotypeFamily(p,NL,Alleles,Probs,missing=TRUE)
}
\arguments{
\item{p}{家系情報の行列}
\item{Np}{人数}
\item{NL}{マーカー数}
\item{Alleles}{アレル名のベクトルのリスト}
\item{Probs}{アレル頻度のベクトルのリスト}
\item{missing}{TRUEまたはFALSE。TRUEの場合には、DNAサンプル提供者のみジェノタイプがある}
}
%- maybe also 'usage' for other objects documented here.
\details{
%%  ~~ If necessary, more details than the description above ~~
}
\value{
ディプロタイプを表す、３次元アレイ(人数ｘ２ｘマーカー数)
}
\references{
%% ~put references to the literature/web site here ~
}
\author{
%%  ~~who you are~~
}
\note{
%%  ~~further notes~~
}

%% ~Make other sections like Warning with \section{Warning }{....} ~

\seealso{
}

\examples{
p<-matrix(
c(1:8,
  0,0,1,0,3,3,3,3,
  0,0,2,0,4,4,4,4,
  1,0,1,0,1,1,0,0,
  1,1,2,1,1,1,2,1),
  ncol=5)
NL<-15
AandP<-MakeAlleleProb(NL=NL)
Alleles<-AandP$Alleles
Probs<-AandP$Probs
G<-RandomGenotypeFamily(p,NL,Alleles,Probs)
G2<-RandomGenotypeFamily(p,NL,Alleles,Probs,missing=TRUE)
}